Precisamos informar ao comando git onde o comando GPG está, no meu caso (usando Mac), eu fiz o seguinte:

Achei o GPG com o comando abaixo:

$ type gpg 

Depois acertei a config do git:

git config --global gpg.program /usr/local/bin/gpg

“ Baseado nessa issue: https://github.com/Vinzent03/obsidian-git/issues/21